Родиной породы считается южно-тирольская деревушка Хафлинг (Hafling) – отсюда и произошло название. Основателем породы стал жеребец 249Фоли (Folie), родившийся от помесного арабского жеребца 133 Эль БедавиXXII и чистопородной тирольской кобылы. Именно к нему восходят родословной все чистопородные хафлингеры через одну из семи линий (A, B, M, N, S, ST и W). Фоли стал первым хафлингером, зарегистрированным в обществе любителей лошадей и профессиональных заводчиков в 1874 году, однако официально породу признали только в 1898 году.
После рождения Фоли несколько австрийских дворян заинтересовались породой и обратились к правительству с просьбой поддержать разведение хафлингеров. В 1899 году австрийское правительство выделило субсидии на развитие селекционных программ этой породы. Лошадей, которые не отвечали стандартам качества породы, использовали в армии для перевозки грузов. В 1904 году в Южном Тироле был основан кооператив селекционеров хафлингеров. Его целью было улучшение процедур селекции, поддержание чистоты породы и создание племенной книги.